Medyczne bazy danych (cz.1)

Paweł Kawalec

Średnio co tydzień na całym świecie ukazuje się około 7000 nowych doniesień naukowych dotyczących medycyny oraz nauk pokrewnych. Szybki rozwój zasobów informacji, nieustanny postęp wiedzy skłaniają lekarzy do ciągłego doskonalenia i aktualizowania kwalifikacji zawodowych; jest to szczególnie istotne w warunkach globalizacji oraz postępującej integracji rynków pracy.


Fot. Thinkstock

Jednym z głównych zadań dynamicznie rozwijającej się informatyki jest gromadzenie, systematyzowanie i sprawne wyszukiwanie żądanych informacji zgromadzonych w internetowych bazach danych: medycznych czy farmaceutycznych. Dziś każdy klinicysta czy naukowiec może niemal na bieżąco śledzić rozwój wybranej dziedziny medycyny, pod warunkiem że zdobędzie umiejętność obsługi odpowiednich baz danych.

Dostęp do większości internetowych baz danych wymaga autoryzacji, a korzystanie z nich – odpowiedniej opłaty. Najczęściej można ją uiścić za pośrednictwem Internetu przy użyciu karty kredytowej. Największe medyczne bazy danych dostarczają jedynie streszczeń szukanych doniesień oraz ich dokładnych danych bibliograficznych; odpowiedni link umieszczony na stronie abstraktu umożliwia przełączenie do strony internetowej providera, dostarczającego pełny tekst doniesienia. Artykuły najczęściej przesyłane są faxem pod żądany numer, natomiast opłata za kilkustronicową pracę wynosi niekiedy nawet kilkanaście dolarów.

Przydatne źródła danych medycznych:

- Bazy literaturowe – (np. Medline) są podstawowym źródłem informacji o najnowszych publikacjach medycznych. Ogromna liczba nowych opracowań oraz różnorodność publikowanych prac wymaga ich systematyzowania oraz gromadzenia w taki sposób, by efektywnie przeszukiwać zgromadzone zasoby, opierając się na podstawowych danych dotyczących publikacji czy autorów. Niezwykle pomocna jest w tym przypadku możliwość przeszukiwania baz danych za pomocą wyszukiwarek, na podstawie słów kluczowych.
- Czasopisma on-line – publikacje dostępne przez Internet. Wydawcy poszczególnych czasopism udostępniają pełnotekstowe, w większości archiwalne wersje czasopism. Przeszukując bazy literaturowe, najczęściej znajdujemy abstrakty, natomiast pełne wersje artykułów można zamówić za pośrednictwem płatnych serwisów internetowych (provider), współpracujących z redakcjami poszczególnych czasopism. Każde liczące się czasopismo medyczne ma swoją stronę internetową, gdzie zamieszczone są całe artykuły lub przynajmniej abstrakty publikacji. W większości tych elektronicznych "gazet" prezentowana jest zawartość najnowszych numerów pisma, a czasami udostępniane są numery (sample copy) poszczególnych czasopism.
- Bazy biochemiczne – na przykład: Human Genome Project (http://gdbwww.gdb.org ). Gromadzone są tu doniesienia naukowe dotyczące genetyki oraz biochemii.
- Bazy strukturalne – zawierają informacje o strukturze i właściwościach związków chemicznych (przede wszystkim biochemicznych). Do największych należy: Protein Data Bank (www.rcsb.org/pdb/ ).
- Wyszukiwarki internetowe – np. www.google.com, www.altavista.com, www.wp.pl, www.yahoo.com, www.lycos.com, www.onet.pl. Przeszukiwanie zasobów Internetu następuje po zadaniu słów kluczowych wyszukiwarkom (na przykład: nazwisko autora, tytuł artykułu). Rezultatem jest lista odnośników do interesujących nas zagadnień, a czasami nawet do pełnych wersji szukanych artykułów. Po wprowadzeniu słowa kluczowego do okna tekstowego wyszukiwarki otrzymamy wykaz stron internetowych, które wiążą się z nim tematycznie. Mimo że często liczba znalezionych linków jest bardzo duża, należy pamiętać, że strony www najbardziej odpowiadające zadanym słowom kluczowym znajdują się na początkowych pozycjach listy.
- Farmaceutyczne bazy danych:
ADISALERT (www.cas.org/ONLINE/DBSS/adisalertss.php). – baza bibliograficzna zawierająca 2,3 mln abstraktów opublikowanych artykułów na temat: farmakologii, terapii lekami, ich działań niepożądanych oraz farmakoekonomiki.
ADISINSIGHT (www.cas.org/ONLINE/DBSS/adisinsightss.php) – zawiera pełne teksty doniesień naukowych na temat leków będących na różnych etapach badań klinicznych.



Zasoby najbardziej znanej medycznej bazy danych Medline obejmują publikacje od 1966 r. do chwili obecnej. Administrowaniem bazą zajmuje się U.S. National Library of Medicine (Waszyngton, USA). Zawiera ona około 9 milionów rekordów bibliotecznych (70% z nich to abstrakty indeksowanych prac) dostarczanych z około 3600 czasopism oraz wybór monografii z kongresów i sympozjów naukowych. Około 52% rekordów pochodzi z czasopism wydawanych w USA, a 86% to doniesienia opublikowane w języku angielskim. Medline gromadzi prace ze wszystkich dziedzin związanych z medycyną oraz naukami biomedycznymi (biologia, fizyka, chemia). Baza jest aktualizowana raz w tygodniu, kiedy to zostaje dodanych średnio około 8000 pozycji bibliograficznych, co daje łącznie w ciągu roku około 500 tys. nowych rekordów. W Polsce dostęp do bazy Medline jest możliwy dla instytucji akademickich i badawczych, m.in. za pośrednictwem Akademickiego Serwera Baz Bibliograficznych, zlokalizowanego w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego pod adresem: http://zatoka.icm.edu.pl/ovidweb/ . Z megabazy danych OVID korzystano podczas opracowywania powyższego artykułu.

Medline jest dostępny w Internecie dla większości instytucji akademickich i rządowych; bezpłatny dostęp oferują ponadto biblioteki większości akademii medycznych. Lekarze i pielęgniarki otrzymują do niego akces po wypełnieniu specjalnego kwestionariusza rejestracyjnego, dostępnego pod adresem: http://zatoka.icm.edu.pl.

,b>Alternatywne sposoby uzyskiwania dostępu do bazy danych Medline

Dostęp do bazy Medline jest możliwy za pośrednictwem następujących stron internetowych:

- HealthGate Medline – bezpłatny Medline oraz płatny dostęp do niektórych innych baz: AIDSDrugs, CancerLit, HealthSTAR – www.beaker.iupui.edu/drfelix/hgate.php
- PubMed – www.ncbi.nlm.ih.gov/PubMed/ – szczegółowa charakterystyka w drugiej części opracowania
- HealthWorld Medline – bezpłatny dostęp do Medline – www.healthy.net/library/search/medline.htm
- OVID – http://zatoka.icm.edu.pl/ovidweb/
NetMedicine – bezpłatny dostęp do bazy Medline – www.netmedicine.com/mdlncons.htm


Po otwarciu zakładki Medline w witrynie OVID ukazują się dwa pola tekstowe, z których przynajmniej jedno powinno zostać uzupełnione hasłem lub nazwiskiem autora szukanego doniesienia. Wyszukiwanie w tej bazie można ograniczyć do niektórych rekordów:

- OVID Full Text Available – po wpisaniu hasła lub frazy w odpowiednie pole tekstowe i zaznaczeniu tej opcji ukaże się spis tych tylko doniesień, których pełne teksty znajdują się w bazie Medline.
- Human – wybór rekordów ograniczony do dotyczących badań na ludziach (wykluczenie doniesień na temat badań nad zwierzętami).
- English language – wybór tylko doniesień anglojęzycznych.
- Review articles – wybór rekordów ograniczony jedynie do wtórnych doniesień (przeglądy badań pierwotnych).
- Abstracts – po wyborze tej opcji otrzymamy listę tylko tych rekordów, które zawierają abstrakty.
- Latest up-date – wybór ostatnio uaktualnianych wersji rekordów.
- EBM review – ograniczenie wyszukiwania do badań zweryfikowanych pod kątem EBM (Evidence-Based Medicine).


Bez wątpienia najważniejszym etapem korzystania z Medline jest wpisanie do pól tekstowych poprawnych merytorycznie i gramatycznie słów kluczowych (keywords), koniecznie w języku angielskim.

W przypadku poszukiwania haseł będących frazami, a nie pojedynczymi wyrazami, ważne jest właściwe użycie tzw. separatorów logicznych: AND, OR, NOT. Przykładowo: jeżeli wpiszemy słowa: inguinal AND hernia, to wyszukiwarka wybierze tylko te artykuły (lub ich streszczenia), które w tytule zawierać będą zarówno wyraz hernia, jak i inguinal. Jeżeli zaś słowa te przedzielimy separatorem OR, zostaną przez wyszukiwarkę wskazane tylko te prace, które w swoim tytule będą zawierały słowa inguinal lub hernia. Użycie separatora NOT wyklucza istnienie pewnych wyrazów w poszukiwanych pracach, np. wpisanie hernia NOT inguinal pozwoli na wyszukanie doniesień na temat wszystkich przepuklin oprócz przepuklin pachwinowych.

Po wprowadzeniu słowa lub frazy do wyszukiwarki Medline funkcja MeSH (rodzaj tezaurusa – leksykonu) umożliwia włączenie w zakres wyszukiwania synonimów żądanego przez nas hasła, co zapewnia większą efektywność przeszukiwania. Jeżeli np. zażądamy znalezienia doniesień zawierających słowo: vitamin h, to Medline zostanie przeszukany również dla hasła biotyna.

Megabaza OVID ma dwie opcje wyszukiwania – wyszukiwanie proste, gdzie mamy dwa pola tekstowe, w które należy wpisać słowa kluczowe i (lub) nazwisko autora doniesienia, którego poszukujemy. Funkcja Basic/Advanced pozwala na przełączenie wyszukiwania z trybu zwykłego na zaawansowany lub odwrotnie.

W górnej części okna OVID w trybie wyszukiwania Advanced znajduje się pasek narzędzi umożliwiający, po wpisaniu hasła do pola tekstowego, wybór tematycznej kategorii, dla której zasoby Medline będą wyszukiwane. W przypadku zaznaczenia np. kategorii AUTHOR program ograniczy się do przeszukania bazy danych autorów doniesień naukowych. To ograniczy przeszukiwane zasoby, przyczyniając się do większej precyzji wyszukiwania oraz skrócenia czasu oczekiwania na rezultat. Wynik zobaczymy w tabeli Search history, gdzie program pokazuje całkowitą liczbę rekordów w bazie. W celu rozwinięcia tej listy należy dwukrotnie kliknąć na podświetlony przycisk Display w tabeli.

Podobnie wykorzystujemy zakładki: Title, Journal – po wpisaniu odpowiednio hasła lub frazy (np. inguinal hernia) będących częścią tytułu ewentualnie nazwy czasopisma otrzymujemy zbiór rekordów odnalezionych po przeszukaniu wyłącznie zaznaczonych pól (odpowiednio tytuł lub czasopismo).

Uruchomienie zakładki Combine pozwala na kompilację wyników wcześniejszych przeszukiwań, zapisanych w strategii wyszukiwania. W celu połączenia wyników dwóch wcześniejszych przeszukiwań należy zaznaczyć żądane wiersze strategii wyszukiwania oraz użyć łącznika AND lub OR. Change database umożliwia zmianę bazy danych w ramach OVID na inną, z zachowaniem wprowadzonego wcześniej szukanego hasła.

Przy posługiwaniu się systemem OVID warto wykorzystać dwuliterowe oznaczenia pól tematycznych, najczęściej używanych w przeszukiwaniach (należy użyć zakładki Search fields). Pola te zawierają konkretne, szczegółowe informacje na temat danej publikacji, takie jak: tytuł pracy, nazwiska autorów, nazwę instytucji, tytuł czasopisma, rok publikacji. Każde takie pole jest oznaczone dwiema literami. Jeżeli takie oznaczenie wpiszemy po słowach kluczowych, wtedy słowa te będą wyszukiwane tylko w danym polu (np. autor). Poniżej przedstawiono krótką charakterystykę takich dwuliterowych oznaczeń, najczęściej używanych w przeszukiwaniach:

- AU – authors – jeżeli szukamy doniesień określonego autorstwa, wówczas wpisujemy w pole tekstowe nazwisko oraz inicjał imienia.
- TI – title – użycie tego pola umożliwi wyszukanie artykułu według angielskiej wersji tytułu (hernia. ti), czyli tylko tych rekordów, które zawierają w tytule szukane hasło.
- YR – year of publication – rok, w którym dany materiał został opublikowany (jeżeli zaznaczymy zakładkę yr, a w pole tekstowe wpiszemy np. 2001, to otrzymamy listę rekordów dotyczących tylko artykułów opublikowanych w 2001 r.).
- LA – language – określamy język, w którym zostały opublikowane szukane artykuły.
- PT – publication type – rodzaj publikacji – funkcja ta umożliwi wybór następujących typów publikacji: review (przegląd), clinical trials (doniesienie kliniczne), letters (listy). Jeżeli zaznaczymy zakładkę PT, a następnie wpiszemy w pole tekstowe hasło review, baza przedstawi nam listę rekordów zawierających przeglądy systematyczne.
- JN – journal name – wpisujemy tytuł(y) czasopism, które opublikował(y) poszukiwany artykuł. Pozwala to zawęzić wyszukiwanie poprzez wyeliminowanie doniesień opublikowanych w innych czasopismach.


Dostęp do bazy internetowej OVID jest płatny, ale w bibliotekach medycznych lekarze mogą korzystać z niej bezpłatnie. Użytkownicy bazy OVID powinni przejrzeć również inne bazy danych, określane jako uzupełnienie Medline, w tym przede wszystkim:

- Core Biomedical Collection:
(www.ovid.com/products/journals/cbc.cfm) – może ona stanowić ciekawe uzupełnienie Medline; zawiera teksty opublikowane w 45 czasopismach medycznych, w tym m.in.: The American Journal of Medicine, The Journal of the American Medical Association, The British Medical Journal, Lancet oraz Science. Jest to stosunkowo młoda baza danych; publikacje są indeksowane od 1993 r.
- CancerLit:
(cancernet.nci.nih.gov/cancerlit.shtml) – najpełniejsze dane bibliograficzne od 1993 r. do chwili obecnej, dotyczące: mechanizmów karcynogenezy, immunologii oraz leczenia nowotworów. Baza gromadzi około 75 tys. rekordów z 200 czasopism specjalistycznych zajmujących się tematyką onkologiczną. Baza ta umożliwia szeroki wybór różnorakich materiałów (artykuły, raporty rządowe, sprawozdania ze zjazdów, prace monograficzne) dotyczących nowotworów.



Mając dostęp do Internetu oraz wiedząc, jak wykorzystywać jego zasoby, można dotrzeć do najnowszych publikacji oryginalnych i opracowań oraz skorzystać z usystematyzowanych zasobów elektronicznych bibliotek. Dużymi atutami są: niewielki koszt dostępu do sieci, aktualność informacji oraz szybkość uzyskiwania danych.


lek. med. Paweł Kawalec
e-mail: ppkawa@poczta.onet.pl


Zobacz też Medyczne bazy danych (cz. 2).

Najpopularniejsze artykuły